La première église dédiée à Saint-Pierre est construite au Vème siècle, elle était construite en bois et en torchis. Cette première église fut détruite lorsque les Normands ravagèrent la ville en 845, sous le règne de Charles le Chauve. Cette première église se trouvait un peu plus au sud ouest, sur le coteau de Livet, à l'emplacement de l'ancien couvent de St-François, qu'occupe aujourd'hui les élèves de seconde et les internes du lycée Sainte-Marie.

Au alentours du Xème siècle, une deuxième église est construite, à l'emplacement de l'église actuelle dans un style roman. Des traces de cette église médiévale furent mises à jour en 1882 lors du creusement des fondations de l'église actuelle. On découvrit alors des tombeaux et des objets renvoyant à cette période du Xème-XIème siècle.

La population de Cholet croissant, l'église Saint-Pierre est réédifiée au XIVème siècle sous l'impulsion du curé Thibault Carté. Marie de Montalais, seigneur de Montjean et de Cholet apporta son soutien financier à la réédification. Un siècle et demi plus tard, durant les Guerres de Religion, le 13 décembre 1565, l'église est saccagée et brûlé par les Huguenots. Seul l'antique tour en granit survit à l'incendie.

Le dessin de l'église Saint-Pierre présenté en haut de page est un témoignage rare. Il nous permet de voir à quoi ressemblait l'église la quatrième église reconstruite à partir de 1580. Cette dernière fut restaurée en 1749, suite à un ouragan qui l'avait endommagée. On peut observer sur le dessin que la porte de l'église ouvrait sur une galerie couverte.

A la Révolution française, pour la troisième fois dans son histoire l'église Saint-Pierre connaît à nouveaux les ravages du feu lors des Guerres de Vendée. Elle est incendiée le 18 octobre 1793.

Restaurée après la Révolution, elle n'est achevée qu'en 1853. La gravure ci-dessus immortalise l'intérieur de l'église tel qu'il devait se présenter au milieu du XIXème siècle.

Mais la population de Cholet est croissante et la vieille église ne pouvant accueillir tout les paroissiens succombe aux pioches des démolisseurs en 1880 pour laisser place à une nouvelle nef plus grande, de style néo-ghotique, achevée en 1883. Les travaux de la nef actuelle furent lancés par l'abbé Bougère et dirigés par l'architecte Alfred Tessier.

Seul vestige de l'ancienne église, le clocher du XIVème siècle est conservé. Coiffé d'une magnifique flèche d'ardoises. Écrasée par le poids de la nouvelle nef et du nouveau beffroi, la tour séculaire s’effondre en 1904.

Le clocher actuel est édifié à partir de 1933 à l'initiative de l'abbé Allard. Il s'agit d'une tour quadrilatère surmontée d'une majestueuse statue de Saint Pierre pesant plus de 800 kg. L'église est bénie en grandes pompes en 1934 par Monseigneur Humeau.

Aujourd'hui, l'église Saint-Pierre fait l'objet d'une réfection progressive par les tailleurs de pierre de la ville de Cholet qui redonnent au tuffeau terni par la pollution, son blanc immaculé d'origine.